Πότε ακριβώς ιδρύθηκε η Μητρόπολή μας, μας είναι άγνωστο. Φαίνεται όμως ότι η πρώτη Χριστιανική κοινότητα ιδρύθηκε, από την εποχή που ο Απόστολος των Εθνών Παύλος, επισκέφθηκε τούς Φιλίππους, στην Αμφίπολη και τη Θεσσαλονίκη,όπου και ίδρυσε εκεί τις πρώτες Χριστιανικές Εκκλησίες. Έτσι έχουμε από τον Β’ ήδη αιώνα μ.χ την Εκκλησία των Σερρών, όσο ανθηρή, ώστε να γίνει έδρα Επισκοπής. Κατά τα τέλη του 10ου – αρχές 11ου αιώνα προάγεται σε Αρχιεπισκοπή και Μητρόπολη υπαγομένη στο Πάνσεπτο Οικουμενικό Πατριαρχείο. Από το 1928 με το Νόμο 3615/11.7.1928 και την από 14.9.28 Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη έχει υπαχθεί μαζί με όλες τις άλλες Μητροπόλεις της Βορείου Ελλάδος, Ηπείρου και Νήσων του Ανατολικού Αιγαίου στην άμεση διοίκηση της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος,του Οικουμενικού Πατριαρχείου διακρατήσαντος του ανωτάτου κανονικού δικαιώματος.
Από διασωθέντα κείμενα ως πρώτος επίσκοπος Σερρών αναφέρεται ο Πρέκτηος. Από τον Μάιο του 2003 την ιστορική Μητρόπολη Σερρών και Νιγρίτης διαποιμαίνει ο Μητροπολίτης Σερρών και Νιγρίτης Θεολόγος.